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高通量BSP测序 (NGS-BSP)

项目介绍

重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。




技术优势

高效灵活的目标区域甲基化检测的工具

BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率

适合几个到几十个位点的大样本验证项目

适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高




科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
BSP流程图.png

样本要求:基因组DNA: >= 1 ug (20个区域/位点);样品浓度>30 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:>100X


信息分析

基于靶向序列的甲基化分析,数据质控、5mC Calling

5mC在组间样本的可视化, 多样本甲基化聚类

与临床样本特征关联分析等





分析内容

NGS-BSP.png








用心服务每一个项目

最早建立高通量BSP方法学及应用于大样本甲基化验证项目的团队,
已完成人、小鼠、大鼠、猪等多种哺乳动物NGS-BSP测序分析项目

助力客户在Genome biology, BMC genomics, Breast Canc Res Treat, DNA Research等杂志发表多篇论文

专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制,用心服务好每一个项目。


图片 2.png


高通量BSP测序 (NGS-BSP)案例展示

案例分析一(团队成员发表)

早产猪肠道DNA甲基化研究

Marked methylation changes in intestinal genes during the perinatal period of preterm neonates. BMC genomics. 2014; 15: 716.(IF=3.867)

一、研究背景

坏死性小肠结肠炎(NEC),多发于早产儿经配方奶粉喂养后。DNA甲基化与肠道的产前成熟有关,可能会导致早产儿发生NEC有关。

二、方法流程

1、取材:小肠中段全壁切片

足月产, 0d-term (n=2)

早产, 0d-preterm (n=2)

早产喂养4天健康, 4d-preterm (n=3)

早产喂养4天患NEC, 4d-preterm-NEC (n=3)

2、测序:简化基因组甲基化测序(RRBS)

3、验证:高通量BSP:差异甲基化基因

RTq-PCR: 基因表达差异

4、功能:

三、研究结果

1) 足月产与早产猪肠道甲基化变化很大,且随着肠道成熟度增加,甲基化水平降低, 说明肠道成熟发育过程与甲基化密切相关;

2) 早产喂养配方奶后, 健康和患NEC猪的肠道甲基化差异很小

3) 结合高通量BSPRTq-PCR筛查到4个与肠道代谢相关的基因(CYP2W1GPR146TOP1MTCEND1),这些基因启动子CpG岛中显著的高甲基化,进而导致了转录表达抑制,可能与早产儿肠道未代谢功能失调和NEC易感性有关;

4) 高通量BSP比传统BSP结合克隆测序更适合目标基因甲基化检测或者验证, 更省时省力、更准确、成本更低, 更适合大量样本甲基化验证课题。

四、研究结论

出生前和出生后肠道DNA甲基化的变化可能导致早产儿的高NEC敏感性。通过环境刺激(如饮食、营养、肠道微生物群)优化基因甲基化变化,可能有助于使未成熟的新生儿对短期和长期的肠道功能障碍有更强的抵抗力。

 

                                             

        


1. 4组样本整体甲基化谱图                                                                      2. 差异甲基化区域及相关基因


                

 

                                       图3. NGS-BSP与传统BSP比较                                              4. NGS-BSP结合RT-PCR验证差异甲基化基因及转录表达变化

 



 

案例分析之二

乳腺癌中48个基因的甲基化研究

Methylation profiling of 48 candidate genes in tumor and matched normal tissues from breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015; 149(3):767-79. (IF=4.085)

一、研究背景

肿瘤特异的甲基化异常是肿瘤发生发展的早期事件,可以用来早期发现肿瘤或者进行分子分型。本项目中,研究人员通过高通量BSP方法富集48个候选基因启动子区域,对180例中国乳腺癌患者进行测序分析,以寻找有价值的生物标记物

二、方法流程

1、取材:180对乳腺癌及癌旁组织

2、测序:高通量BSP

3、验证:

4、功能:

三、研究结果

1) 48个基因中,有37个基因在肿瘤和正常组织之间差异甲基化,具有不同临床病理特征的乳腺癌样本显示了基因甲基化的独特特征;

2) 乳腺癌不同亚型甲基化水平显著不同;

3) 聚类分析筛选出13个基因(CST6DBC1EGFRGREM1GSTP1IGFBP3PDGFRBPPM1ESFRP1SFRP2Sox17TNFRSF10DWRN)为候选生物标志物,构建乳腺癌高效率的癌症预测模型;

四、  研究结论

本研究课题证实了DNA甲基化图谱可以预测乳腺癌和对乳腺癌进行分子分型,DNA甲基化对于早期乳腺癌发现来说,是个很有价值的生物标记物。

 

    


                           图1. Boxplot图显示差异甲基化基因                                                            2. Boxplot图显示48个基因甲基化在乳腺癌4种亚型间整体差异

 

 

 图3. Boxplot显示乳腺癌4种亚型间的PTGS2RUNX3甲基化差异


高通量BSP测序 (NGS-BSP)结果展示

简化基因组测序

高通量BSP测序 (NGS-BSP)常见问题

简化基因组测序

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